Перехід на спо в науковому середовищі: шукаємо заміну

Все ПО, що використовується типовим науковим співробітником, можна розділити на три категорії:
- ПО для безпосереднього отримання наукових результатів.
- ПО для написання статей і створення презентацій за цими результатами.
- Звичайне повсякденне ПО (браузер, файловий менеджер, архіватор).

З останньою категорією в плані СПО все прекрасно і зупинятися на ній сенсу не має. З першою категорією ситуація складніша і сильно залежить від конкретної галузі науки, в якій працює користувач. В нашій області (біоінформатика і обчислювальна біофізика) практично всі популярні програми спочатку написані для Linux і є або вільними, або безкоштовними, але ліцензійні обмеження на поширення. Ми регулярно використовуємо Gromacs, VMD, PyMol, Ecce, Gamess, MOPAC і т.д. і всі вони або взагалі не працюють працюють в Windows, або в Linux працюють набагато краще. Крім того, всі ресурсомісткі обчислення проводяться на кластерах під керуванням Linux. Маючи Linux на локальній машині управління обчислювальними завданнями на кластері практично нічим не відрізняється від їх локального запуску, крім, хіба що, доступу по ssh. У Windows для цього потрібно використовувати ssh-клієнти на кшталт Putty і боротися з повною чужеродностью командного рядка кластера.








Молекулярне моделювання за допомогою MOPAC

Мені складно узагальнювати наш досвід на ті науки, в яких я не є фахівцем, але напевно є області, де необхідне ПО існує виключно у варіанті для Windows. Навіть у нас знайшлася одна важлива програма, аналога якій в Linux немає. Це інженерно-математичний пакет MathCad. Він унікальний тим, що дозволяє розташовувати формули в довільному порядку на робочому аркуші, в точності так, як зазвичай пишуть теоретики на папері. Він відстежує залежності змінних, чого немає ні в одному іншому математичному пакеті, і дозволяє набирати формули і будувати графіки в повністю візуальному режимі, не запам`ятовуючи синтаксису команд. Це може здатися надуманим недоліком, але взяти нескладний інтеграл в MathCad можна швидше, ніж, наприклад, в wxMaxima просто тому, що не потрібно копатися в документації, щоб згадати, як правильно записати символ нескінченності. Нарешті, файли MathCad, що накопичилися за роки роботи, ніякий інший програмою можна навіть прочитати. Як не намагалися ми замінити MathCad за допомогою вільних wxMaxima і Sage, повноцінної заміни все одно не вийшло. Досвід показав, що рядовий аспірант не готовий вивчати ще один хитромудрий синтаксис тільки заради того, щоб замінити прекрасно працює і звичну програму (нехай і піратську) чимось незрозумілим і суперечливим - витрати часу просто не окупаються.

Коли ми переходимо до програм для представлення даних і написання статей, проблеми починають множитися. По суті тут необхідна зв`язка «текстовий редактор + редактор формул + менеджер бібліографії + редактор графіків». У Windows це виглядає як «MS Word + MathType + EndNote + Origin». У Linux без праці вибудувати відразу кілька аналогічних зв`язок. Можна поринути в нетрі TeX: «LyX + LaTeX + BibTeX». Графіки при цьому можна будувати в будь-якій програмі, що експортує eps-файли, наприклад в grace, QtiPlot або gnuplot. Історично склалося так, що ні я, ні будь-хто інший з наших співробітників ніколи серйозно не працював з LaTeX, так що «бар`єр входження» був би занадто високим для всіх. Крім того, мені як людині, постійно займається програмуванням, просто хочеться зосередитися на тексті і відпочити від коду, коли я пишу статтю, а LaTeX такої можливості не дає. LaTeX - це особливий світ і особлива «субкультура», до якої треба долучатися з самого початку наукової кар`єри, а краще ще раніше. Для зрілого фахівця перехід на LaTeX вимагає такої ломки всіх навичок і звичок, що не виправдовує вкладених зусиль і часу.

Найближчим аналогом зв`язки програм для Windows буде набір «LibreOffice Writer + LibreOffice Math + Zotero + QtiPlot». Всі вони працюють за принципом WYSIWYG, та й інтерфейс багато в чому буде знайомим. Особливих претензій до LibreOffice Writer і Zotero немає, але ось LibreOffice Math і QtiPlot псують все враження.